Na gruntach Nadleśnictwa Skwierzyna znajdują się:

• specjalne obszary ochrony siedlisk (SOO):

• Ujście Noteci PLH080006;
• Bory Chrobotkowe Puszczy Noteckiej PLH080032;
• Bledzew PLH080074;

• obszary specjalnej ochrony ptaków (OSO):

• Dolina Dolnej Noteci PLB080002;
• Puszcza Notecka PLB300015.

• Ujście Noteci PLH080006

Obszar o powierzchni ogólnej 3994,54 ha (powierzchnia w zasięgu terytorialnym Nadleśnictwa 1651,99 ha). Obowiązującym aktem prawnym dotyczącym obszaru jest Rozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 9 lutego 2017 r. w sprawie specjalnego obszaru ochrony siedlisk Ujście Noteci PLH080006 (Dz. U. z 2017 r., poz. 545).

• Bory Chrobotkowe Puszczy Noteckiej PLH080032

Obszar o powierzchni ogólnej 2309,03 ha (powierzchnia w zasięgu terytorialnym Nadleśnictwa 562,90 ha). Obowiązującym aktem prawnym dotyczącym obszaru jest Rozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 13 marca 2018 r. w sprawie specjalnego obszaru ochrony siedlisk Bory Chrobotkowe Puszczy Noteckiej PLH080032 (Dz. U. z 2018 r., poz. 841).

• Bledzew PLH080074

Obowiązującym aktem prawnym dotyczącym obszaru jest Rozporządzenie Ministra Klimatu i Środowiska z dnia 27 lipca 2023 r. w sprawie specjalnego obszaru ochrony siedlisk Bledzew PLH080074 (Dz. U. z 2023 r., poz. 1877).

• Dolina Dolnej Noteci PLB080002

Obszar o powierzchni ogólnej 24943,56 ha (powierzchnia w zasięgu terytorialnym Nadleśnictwa 1651,99 ha), wyznaczony w 2007 r. nowelizacją rozporządzenia
z 2004 r. Obecnie obowiązującym aktem prawnym dotyczącym obszaru jest Rozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 12 stycznia 2011 r. w sprawie obszarów specjalnej ochrony ptaków (Dz. U. Nr 25z 2011 r., poz. 133).

• Puszcza Notecka PLB300015

Obszar o powierzchni 178255,76 ha (powierzchnia w zasięgu terytorialnym Nadleśnictwa 5090,31 ha). Obowiązującym aktem prawnym jest Rozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 12 stycznia 2011 r. w sprawie obszarów specjalnej ochrony ptaków (Dz. U. Nr 25 z 2011 r., poz. 133).