Nadleśnictwo jest podstawową, samodzielną jednostką organizacyjną Lasów Państwowych, działającą na podstawie ustawy o lasach z dn. 28 września 1991 r. Podlega Regionalnej Dyrekcji Lasów Państwowych w Szczecinie, która prowadzi nadzór i koordynuje działania na swoim terenie.

Strukturę Organizacyjną Nadleśnictwa Skwierzyna stanowią:
a) biuro Nadleśnictwa,

b) 13 leśnictw

1. Biuro nadleśnictwa składające się z:

1) Działów,

a) Gospodarki Leśnej, kierowany przez Zastępcę Nadleśniczego,

b) Finansowo-Księgowy, kierowany przez Głównego Księgowego,

c) Administracyjno-Gospodarczy, kierowany przez Sekretarza,

d) Posterunek Straży Leśnej, kierowany przez Starszego Strażnika Leśnego pełniącego funkcję Komendanta Posterunku Straży Leśnej.

2) Samodzielnych stanowisk pracy:

a) ds. kontroli – Inżynier Nadzoru (kontrola BHP),

b) stanowisko ds. pracowniczych,

c) stanowisko ds. informatyki.

Nadleśniczy kieruje całokształtem działalności Nadleśnictwa na zasadzie jednoosobowego kierownictwa i ponosi za nią odpowiedzialność, a także reprezentuje Nadleśnictwo na zewnątrz.

Zastępca Nadleśniczego odpowiada za całokształt sfery produkcyjnej w Nadleśnictwie Skwierzyna, kieruje Działem Gospodarki Leśnej i pracą leśniczych, dla których ustala zakresy czynności. Za wyniki ich pracy odpowiada przed Nadleśniczym, od którego otrzymuje polecenia służbowe.

Do zadań Działu Gospodarki Leśnej należy prowadzenie całokształtu spraw związanych z planowaniem, organizacją, koordynacją i nadzorem prac w zakresie: nasiennictwa, selekcji, hodowli lasu, ochrony lasu, ochrony przyrody, łowiectwa, zagospodarowania, użytkowania i urządzania lasu, edukacji oraz sprzedaży drewna i użytków niedrzewnych, jak również prowadzenie spraw związanych ze stanem posiadania i ewidencją gruntów, udostępnianie lasu oraz nadzór nad lasami nie stanowiącymi własności Skarbu Państwa, w zakresie powierzonym przez kierownika urzędu administracji publicznej, czuwanie nad zachowaniem wartości przyrodniczych i materialnych ekosystemów leśnych , stanem zdrowotnym i zabezpieczeniem lasów jako elementu środowiska geograficznego przed szkodami ze strony czynników biotycznych i abiotycznych,

Leśnictwo kierowane jest bezpośrednio przez leśniczego. Leśnictwo jest podstawową jednostką terenową w Nadleśnictwie. Do zadań leśniczego należy całokształt spraw związanych z prowadzeniem gospodarki leśnej w leśnictwie, za którą ponosi pełną odpowiedzialność. Wykonuje również zadania związane z ochroną przed szkodnictwem leśnym i jego zwalczaniem, korzystając z uprawnień określonych w ustawie o lasach. Leśniczy odpowiada materialnie za powierzone mienie. Leśniczy wykonuje swoje zadania przy pomocy podleśniczego, który mu bezpośrednio podlega.

Główny Księgowy kieruje działem Finansowo-Księgowym i jest odpowiedzialny za prawidłowe jego funkcjonowanie. Wykonuje zadania i ponosi odpowiedzialność w zakresie księgowości, finansów, planowania finansowo-ekonomicznego, analiz, sprawozdawczości oraz organizuje i sprawuje kontrolę wewnętrzną dokumentów finansowo-księgowych Nadleśnictwa. Planuje, nadzoruje i kontroluje prace wykonywane przez podległych mu pracowników, dla których ustala zakresy czynności.

Do zadań Działu Finansowo-Księgowego należy w szczególności prowadzenie ewidencji syntetyczno-analitycznej dla całego Nadleśnictwa i formalno-rachunkowej kontroli dokumentów, sporządzanie planów finansowych, analiz i sprawozdawczości, rozliczanie działalności gospodarczej i administracyjnej oraz terminowe egzekwowanie wszelkich należności i regulowanie zobowiązań.

Inżynier Nadzoru sprawuje kontrolę funkcjonalną prawidłowości wykonywania czynności gospodarczych w Nadleśnictwie (kontroluje leśnictwa), w tym wydaje zalecenia w trybie ustalonym przez Nadleśniczego, dokonuje sprawdzania stanu realizacji zaleceń i zarządzeń pokontrolnych będących wynikiem kontroli zewnętrznej. Do zadań inżyniera nadzoru należy także koordynacja całokształtu spraw związanych z przestrzeganiem przepisów i zasad BHP w Nadleśnictwie, analizowanie przyczyn wypadków przy pracy i skutków chorób zawodowych.

Sekretarz kieruje działem Administracyjno-Gospodarczym i jest odpowiedzialny za całokształt spraw związanych z pełną obsługą administracyjną Nadleśnictwa, prowadzeniem spraw inwestycyjno-remontowych oraz gospodarki transportowej. Administruje budynkami i mieszkaniami zarządzanymi przez Nadleśnictwo. Planuje, nadzoruje i kontroluje prace wykonywane przez podległych pracowników, dla których ustala szczegółowe zakresy czynności.

Do zadań Działu Administracyjno-Gospodarczego należy prowadzenie całokształtu spraw związanych z pełną obsługą administracyjną Nadleśnictwa, administrowanie budynkami i mieszkaniami będącymi w zarządzie Nadleśnictwa, zaopatrzenie Nadleśnictwa w materiały i urządzenia, prowadzenie działalności remontowej i inwestycyjnej w zakresie budownictwa ogólnego, drogowego i melioracji wodnych, a także sprzętu technicznego i innych środków trwałych, organizacja postępowań przetargowych na zadania z zakresu dot. działu Administracyjno-Gospodarczego zgodnie z ustawą Prawo zamówień publicznych.

Posterunek Straży Leśnej jest komórką organizacyjną przy Nadleśnictwie, powołaną do zwalczania przestępstw i wykroczeń z zakresu szkodnictwa leśnego, oraz wykonywania innych zadań związanych z ochroną mienia Skarbu Państwa, będącego w zarządzie Nadleśnictwa.

Stanowisko ds. pracowniczych podlega bezpośrednio Nadleśniczemu. Pracownik prowadzi całokształt spraw kadrowych w Nadleśnictwie.

Stanowisko ds. informatyki podlega bezpośrednio Nadleśniczemu. Do zadań tego pracownika należy całokształt spraw związanych z administrowaniem SILP, utrzymanie sprzętu komputerowego w stałej sprawności, administrowanie siecią lokalną, komputerami oraz innym sprzętem komputerowym.