Nazwa Nadleśnictwa pochodzi od nazwy miasta Skwierzyna, któremu początek dała osada targowa, leżąca na szlaku wodnym z Poznania do Szczecina.

Nadleśnictwo Skwierzyna powołano w roku 1945, w miejsce wcześniejszego nadleśnictwa niemieckiego. Zostało utworzone we wschodniej części dużego kompleksu leśnego na linii wieś Trzebiszewo- Bledzew, wzdłuż koryt rzeki Warty i Obry. Powierzchnia wynosiła wówczas 6184,70 ha. Do chwili obecnej przeszło ono szereg zmian terytorialnych, administracyjnych i gospodarczych. Przez kolejne lata były przyłączane tereny sąsiadujące i ostateczna wielkość Nadleśnictwa wg stanu na dzień 1.01.2015 r. wynosi 24247,5371 ha.

Aktualnie w skład nadleśnictwa wchodzi trzynaście leśnictw:
Brzozowiec, Glinik, Trzebiszewo, Skwierzyna, Stary Dworek, Jeleniec, Pniewo, Dzików, Dąbrówka, Sokola Dąbrowa, Murzynowo, Chrobotek i Zawarcie.

W powojennej historii nadleśnictwa jednostką kierowało czterech nadleśniczych. W latach 1945-47 pionierem tworzenia administracji leśnej na ziemi skwierzyńskiej był Bronisław Tomaszewski. W okresie 1947-1953 nadleśniczym został Antoni Kegel. Po przeniesieniu do innego rejonu Polski, funkcję kierownika jednostki pełnił Stanisław Jaśkowski. W 1979 roku awansował, przez co nadleśniczym mianowano Tadeusza Przybyłkę. Po przejściu na emeryturę w 2015 r. , p. o. Nadleśniczego został Jan Piecyk, w celu zachowania ciągłości działania jednostki do czasu powołania nowego kierownika. Od 24 listopada 2015 r. na stanowisko Nadleśniczego został powołany Witold Koss, który dotychczas piastował stanowisko Dyrektora Regionalnego RDLP w Szczecinie. Po odwołaniu ze stanowiska z dniem 01 sierpnia 2018r., ponownie obowiązki Nadleśniczego przejął Jan Piecyk. od 14 września 2018r. kierownictwo nad Nadleśnictwem objął Włodzimierz Rocławski.